Lokasi terdampak teridentifikasi berada di empat kecamatan, yaitu Sirimau, Baguala, Nusaniwe dan Leitimur Selatan. Sebanyak 16 wilayah terdampak di tingkat administrasi desa dan kelurahan, antara lain Batumerah, Galala, Honipopu, Batu Meja, Uritetu, Hative Kecil, Ahusen, Amantelu, Batu Gajah, Negeri Lama, Latta, Passo, Mangga Dua, Kuda Mati, Urimessing dan Hutumuri.

Selain mengakibatkan kerusakan sektor pemukiman, banjir dan longsor menyebabkan warga terdampak. BPBD melaporkan 6 KK (7 jiwa) terdampak, sedangkan sejumlah warga 20 KK sempat dilaporkan melakukan pengungsian sementara di Gedung BLK Kota Ambon. Hingga hari Minggu (4/10/2020), pendataan di lapangan masih berlangsung dan Sebagian pengungsi mandiri telah kembali ke rumah. Peristiwa ini tidak mengakibatkan jatuhnya korban jiwa. 

Kota Ambon termasuk wilayah dengan potensi bahaya banjir dengan kategori sedang hingga tinggi. Berdasarkan analisis InaRISk, setidaknya dua kecamatan dengan populasi terpapar sekitar 8.030 jiwa berada di wilayah dengan potensi tersebut.