Sementara itu, Badan Meteorologi, Klimatologi dan Geofisika (BMKG) telah mengeluarkan peringatan dini cuaca tiga harian, 3 – 5 Oktober 2020. Prakiraan cuaca pada hari Minggu (4/10/2020) dan Senin (5/10/2020), Provinsi Maluku termasuk salah satu wilayah yang berpotensi hujan lebat dan disertai petir atau kilat serta angin kencang. 

Dalam rilis BMKG pada 3 Oktober 2020 menyebutkan bahwa catatan historis menunjukkan bahwa La Nina dapat menyebabkan terjadinya peningkatan akumulasi jumlah curah hujan bulanan di Indonesia hingga 40 persen di atas normalnya. 

Namun demikian dampak La Nina tidak seragam di seluruh Indonesia. Pada Bulan Oktober-November 2020, peningkatan curah hujan bulanan akibat La Nina dapat terjadi hampir di seluruh wilayah Indonesia kecuali Sumatera. 

Selanjutnya pada Desember 2020 hingga Februari 2021, peningkatan curah hujan akibat La Nina dapat terjadi di Kalimantan bagian timur, Sulawesi, Maluku-Maluku Utara dan Papua.