Sementara kapal KM Raffa Sahira berangkat pukul 05.00 WIB. Sehingga diduga SPB terbit tanpa adanya pemeriksaan terhadap kapal terlebih dulu, sesuai yang diamanatkan UU Nomor 17 Tahun 2008 Tentang Pelayaran. 

Selain itu, tandatangan M Akil Alias Likek, nakhoda KM Raffa Sahira, pada berkas-berkas yang ditunjukkan melalui staf Kantor Unit Penyelenggara Pelabuhan Kelas III Nipah Panjang, berbeda, serta tidak dilengkapi dengan cap atau stempel KM Raffa Sahira. Dan dalam berkas SPB KM Raffa Sahira tidak dicantum nomor Sertifikat Kecakapan (SKK) Nakhoda atas nama Muhammad Akil alias Likek.

Kejanggalan lainnya, tanggal 7 Desember 2020, Asiong, selaku pemilik kelapa yang diangkut oleh KM Raffa Sahira melalui whatsaap kepada Khairi mengatakan menemukan nakhoda kapal M Akil alias Likek menggunakan pengapung di tengah laut Pulau Lang, Kepri, serta mengirimkan video penyelamatan, namun tidak terlihat wajah orang yang diselamatkan. Disebutkan orang tersebut sudah terapung selama dua hari dua malam.

Asiong juga mengirimkan foto Likek yang baru diselamatkan dalam keadaan merokok dan tidak terlihat tanda-tanda orang yang kecelakaan dan mengapung dua hari di tengah laut. Saat dikabarkan menemukan nakhoda kapal, Kades Khairi sempat menyarankan agar Asiong melapor ke polisi. Namun Asiong belum mau dengan alasan menunggu keterangan dari nakhoda (Likek) dulu.